生物菌肥即微生物（如细菌）肥料，是由特殊效能的微生物经 过发酵(人工培制）制成的。生物菌肥含有大量的有益微生物，施 人土壤后，或能固定空气中的氮素，或能活化土壤中的养分，改善 植物的营养环境，或在微生物的生命活动过程中，产生活性物质， 刺激植物的生长。生物菌肥的主要作用有以下3点：
       (1)提高土壤肥力这是生物肥料的主要功效，例如各种自生、联合或共生的固氮 生物肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量；多种分 解磷钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母 及磷矿石，使其中难溶的磷、钾元素有效化
       (2)制造和协助农作物吸收营养有些菌肥(如5406抗生菌肥）施用后，由于微生物的活动，不 仅能增加土壤有效养分,还能产生多种激素类物质和各种维生素， 从而促进作物的生长。根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其 一生需要量的30%-80%。VA菌根是一种土壤真菌，它可以与 多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各 种植物利用，其中以对磷的吸收最为明显。
       (3)增强植物的抗逆性有些生物菌肥施用以后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为 作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制 多种病菌的生长。VA菌根的菌丝则由于在作物根部的大量生 长，除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外，还可增加作物对 水分的吸收，提高作物的抗旱能力。