据调查，现在超过25%的蔬菜农药残留严重，危害人们的健康，解决农药残留问题、提高农产品品质已迫在眉睫，复合微生物肥料的推广是降低药残的一个有效途径。

造成农药残留的主要原因是大量化肥的施用，使蔬菜中产生硝酸盐、重金属等有害物质，同时造成土壤板结、地力枯竭，使病虫害日趋严重；农药的连年使用使土壤中和农产品中有严重的农药残留，病源菌的抗药性也随之加强。土壤中的病原菌日积月累、越来越多，造成土传病虫害泛滥。所以农药用量越来夜大，毒性越来越高，农药残留也越来越严重。 

一般认为，使用复合微生物肥料是解决农药残留问题一种最可行的、治标又治本的有效方法。它既有很好的肥效又能减少农产品中由于大量使用化肥造成的硝酸盐、重金属等有害残留，抑制和杀死病原菌和害虫，并对土壤进行彻底的消毒，消除了病原菌和害虫传播的一条途径，复合微生物肥料是生产无公害农产品的最佳措施。只有很好地消除土壤环境中的病原菌，才能从根本上减少病虫害，少用农药或不用农药，从而彻底消除农药残留。